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　　笔者认为可以从投入产出的视角分析中国科研经费管理存在的弊端，并提出具体整治方案。科技活动是两维问题，一个是组织维的投入产出结构，一个是时间维的投入产出过程。从组织维度来看，企业和政府来源R&D经费是国家R&D经费支出的主体。虽然“中国政府投入的研究经费以每年超过20%的比例增加”，但是2008年中国政府R&D经费占全社会R&D经费支出的比例仅为23.58%，并没有显著提升，且低于发达国家的平均水平。政府R&D经费支出的效应不仅是支持科研活动，还要考虑对企业科研经费支出的杠杆效应。从时间维度来看，R&D经费分配仅仅是投入产出过程的一个环节，经费如何使用和管理、绩效如何考核、产出滞后因素如何考虑等等都需要考虑。如果仅仅从项目的分配机制角度考虑科研经费的管理问题，那是治标不治本。

　　针对中国的科研经费管理存在的诸多弊端，2006年科技部和财政部出台了《关于改进和加强中央财政科技经费管理的若干意见》，进一步明确了中央财政科技经费投入的决策机制和结构。在此基础上，国家科技计划项目、各级政府科技管理部门、科研机构和高等院校均出台了相关科技经费管理办法。当然，有些学者认为管理办法并没有改变当前科研经费分配中存在的问题，这些制度设计并不能够改变人自身的问题。实际情况并非如此，同样存在于中国学术环境下的国家自然科学基金，就是制度设计保证公平、公正的典范。

　　首先，整合建立国家科学基金委员会。国家科学基金委员会的建立可分步实施：第一步，将国家自然科学基金委员会和国家“863”计划、“973”计划、国家科技支撑、科技基础条件平台建设计划和重大专项等科技计划项目合并成立国家科学基金委员会，统筹管理中央科技计划项目和自然科学基金项目经费；第二步，将国务院其他部委管理的研究开发经费通过设立专项的形式，统一并入国家科学基金委员会，建立中央统一的科学基金管理体系。国家科学基金委员会是社会公益中介机构，主要负责国家财政科技项目的立项、评审和效果评价。

　　国家科学基金委员会主要采取事前监管，监管的过程包括初审、同行专家评议（一般采取通讯评议方式）、专家评审组或专业委员会评审（一般采取会议评审方式），重点评估申报单位的经费预算、财务监管体系；政府科技和审计部门主要是采取事后监管，每年国家科技和审计主管部门联合对国家财政科技经费执行单位实施审计，项目审计报告提交科学基金委员会，作为项目验收材料；现行基金管理中项目依托单位对本单位项目负有监督、管理和保证的责任，但是委托单位为了本单位的利益，会出现监督管理不力的情况。建议科学基金委员会委托中介机构对科研项目进行全程监管。

　　追踪评价机制包括项目目标设定、申请立项时的决策评价、项目阶段性成果评价、项目结题验收、成果应用效果评价、效果与目标比对等6个环节。目前财政科技投入对于项目立项决策评价比较严格，而其他环节比较薄弱。政府科技计划和应用型科技项目在申请立项之时，要有明确可测的绩效目标，对于没有明确目标的项目不予资助，绩效目标是项目验收的关键点。项目绩效考核目标和项目负责人建立直接的责任联系，没有达到预期目标的项目，负责人将要根据相关规定进行责任赔偿。学术信用机制是要对于参与国家科学基金申报的负责人建立学术信用档案，学术信用档案是个人学术水平、学术道德的社会记录，也是进一步申报基金的重要依据。项目的追踪评价结果和目标责任实施情况都将记入项目负责人的学术信用档案。